معاونت پژوهشی بنیاد ایران‌شناسی به منظور ساماندهی فعالیت‌های علمی و پژوهشی درسال 1382 تأسیس شد. این معاونت با توجه به اختیارات خود در حیطه تعیین قلمرو و مطالعات ایران‌شناسی به تدوین برنامه‌های پژوهشی با توجه به اسناد بالادستی بنیاد ایران‌شناسی می‌پردازد. همچنین معاونت پژوهشی ملزم به فرآهم آوردن اطلاعات لازم برای اجرای تحقیقات علمی در زمینه ایران‌شناسی از طریق گردآوری مراجع و منابع معتبر در زمینه جلوه‌های گوناگون فرهنگ و تمدن ایرانی است.
معاونان پژوهشی بنیاد از ابتدا به‌ترتیب آقایان دکتر محمدباقر وثوقی، دکتر سیدحسن شهرستانی، دکتر سیدعبدالمجید میردامادی، دکتر محمد بهرام‌زاده، دکتر حامد فروزان و دکتر عباس احمدوند بوده‌اند. در حال حاضر سرکار خانم دکترسیده راضیه یاسینی سرپرستی معاونت پژوهشی بنیاد ایران‌شناسی را برعهده دارند.
در طول سال‌های پیش تا کنون چندین طرح پژوهشی در این معاونت به انجام رسیده است که بسیاری از آنها در قالب کتب علمی به چاپ رسیده است.